Sinopsis: Beberapa waktu yang lalu, pintu menuju 2 dunia terbuka, yakni Dunia Manusia, Dunia Mazoku, dan Dunia Shinzoku. Maka dari itu, Di dunia manusia dalam dunia Shuffle! terdapat manusia yang memiliki fisik yang aneh. Tokoh utama dalam cerita ini bernama Rin Tsuchimi, seorang pelajar SMU yang memiliki kehidupan biasa saja, kecuali bagian dimana ia harus dikejar oleh fans klub Kaede Fuyou, teman masa kecil yang serumah denganya karena orang tua mereka sama-sama sudah meninggal. Juga ketika punggungnya harus kesakitan karena dipukul oleh seniornya, Asa Shigure. Tapi kehidupan Rin ini akan menjadi tambah tidak biasa ketika dua murid pindahan cewek (yang cantik-cantik) mengatakan bahwa mereka adalah calon istri Rin! Diketahui nama mereka adalah Lishianthus, dan Nerine, yang biasa dipanggil Sia dan Rin.
Ditambah lagi ketika pulang, seorang gadis kecil yang membawa boneka kecil sedang melihat mesin mainan tiba-tiba memeluknya sehingga ketika seorang gadis (sebenarnya sudah tua, tapi masih terlihat cantik dan muda) bernama Ama Shigure, ibu Asa yang terkenal karena selalu menggunakan topi kucing ini melihatnya, lalu hanya tertawa kecil lalu pergi, juga teman baik Rin, Itsuki Midoriba melihatnya dan mengatakan “Mr.Phedophile” pada Rin.