Sinopsis:  Medaka Box Abnormal / Medaka Box Season 2 – Setelah kekalahan Myouri Unzen dari Medaka Kurokami, kini Dewan Sekolah (anggota osis) mendapatkan kedamaian untuk sekolah Hakoniwa. Tapi, setidaknya kedamaian itu untuk beberapa saat, karena Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune, dan Mogana Kikaijima, nantinya akan terperangkap kedalam sekema mengerikan, rencana yang disebut sebagai “Flask”, yang di rencanakan oleh ketua sekolah itu sendiri.
Namun, masalah lainnya yang akan menimpa anggota osis, adalah berurusan dengan kelompok yang di menyebut “Tiga Belas Partai”, yang dipimpin oleh Oudo Miyakonojou. Lalu muncul musuh musuh lama, bersama dengan rencana Flask.