Sinopsis: Kota Fuyuki, kota yang dikelilingi laut dan pegunungan menjadi tempat ritual kuno untuk mewujudkan mitos Cawan Suci, yang dikatakan dapat mengabulkan semua keinginan pemiliknya. Tujuh Master diberikan tujuh roh pahlawan yang dipilih oleh Cawan Suci. Roh-roh pahlawan atau servant kali ini adalah: Saber, Lancer, Archer, Rider, Caster, Assasin dan Berserker.
Setiap Master akan melakukan kontrak dengan servant yang ditugaskan untuk melakukan pertempuran sampai mati hingga menyisakan satu pasangan Master dan Servant sebagai pemenang.
Ini adalah “Perang Cawan Suci”.
Cerita berpusat pada tokoh Tohsaka Rin. Setelah kematian ayahnya, Rin bersama servant-nya, Archer ikut serta dalam pertempuran sebagai perwakilan Keluarga Tohsaka. Ketika ia sadar bahwa Emiya Shirou, teman sekolahnya terlibat dalam pertempuran, ia menyelamatkannya dari luka parah yang nyaris membuat nyawanya menghilang.
Dimulailah perjuangan Rin dan Emiya dalam memenangkan pertempuran untuk mendapatkan Cawan Suci.